Nasce a Varese il 25 marzo 1957 e nel Varese, nel 1978, a ventitre anni ancora da compiere, inizia la sua carriera come Direttore del Settore Giovanile. Solo un anno di apprendistato e già nella stagione successiva viene nominato Direttore Generale, carica che non abbandonerà più anche nelle sue future esperienze.
Dal 1987 al 1990 è al Monza, quindi entra nei quadri dirigenziali del Como e, successivamente, del Ravenna. Nel 1995 approda al Venezia, dove rimane per cinque anni e ottiene una storica in promozione in serie A, nel ‘97/98. L’anno successivo, il Venezia centra la salvezza, anche grazie al lavoro di Marotta che porta in laguna giocatori di grande talento e compone, con Maniero e Recoba, una coppia d’attacco di prim’ordine.
Dal 2000 al 2002 diviene Direttore Generale dell’Atalanta e anche in queste due annate non mancano le soddisfazioni. Nel 2000/01 i bergamaschi, nel primo mese di campionato, si trovano addirittura in testa alla classifica e chiudono poi la stagione con un ottimo settimo posto. Dopo la nona piazza centrata nel 2001/02, Marotta cambia società e approda alla Sampdoria. In blucerchiato veste prima i panni di Direttore Generale e dal 2004 anche quelli di Amministratore Delegato.
Negli anni costruisce una squadra sempre più competitiva, anche grazie a “colpi di mercato” clamorosi, come quelli che portano a Genova Antonio Cassano dal Real Madrid e Gianpaolo Pazzini dalla Fiorentina, due dei principali artefici, insieme al tecnico Del Neri, dello storico traguardo centrato dalla Sampdoria nell’ultimo campionato: la qualificazione ai preliminari di Champions League. Il 19 maggio 2010 assume la carica di Direttore Generale Area Sport della Juventus.